良渚古城遗址公园规划总面积14.33平方公里，分城址区、瑶山遗址区、平原低坝—山前长堤区和谷口高坝区4个片区。目前已经开放的为公园城址区，由宫殿区、内城、外城组成，呈向心式三重布局结构。城址总面积631公顷，人工堆筑总土石方量约717万立方米。宫殿区居于城址中央，地势最为高敞，面积约39公顷，是良渚时期最高统治者居住和活动的主要场所。内城由城墙围合而成，面积280公顷（含宫殿区）。以宫殿区为中心，内城分布有墓地、居址（含手工作坊）台地、古河道等遗址。外城位于内城外围，由17处断续分布的台地构成半闭合的外郭轮廓，面积约351公顷，外城台地和穿行其间的河网形成临水而居的水乡景观。